L'Archivio di Stato di Pisa custodisce numerosi archivi familiari, pisani e non. Seguendo una tradizione avviata sin da Francesco Bonaini, la direzione dell’Archivio ha condotto una continua politica di acquisizione degli archivi privati cittadini, sia attraverso donazioni che vendite.

Complessivamente presso l'archivio sono conservate le carte di circa 20 famiglie. Tra queste spiccano per qualità e quantità documentaria i fondi Roncioni (circa 2000 unità archivistiche suddivise in due fondi che rispecchiano le diverse acquisizioni nel tempo e a cui si devono aggiungere i manoscritti acquisiti dalla Biblioteca Universitaria), Alliata (circa 1250 unità) e Lanfranchi Lanfreducci Upezzinghi (circa 1100 unità in tre fondi distinti). Insieme a questi archivi ‘maggiori’ sono presenti un’ampia serie di depositi familiari di minor quantità ma di pari interesse storico: sono gli archivi Bracci Cambini, Del Testa Del Tignoso, Franceschi Galletti, Mazzei, Raù dell’Oste, Sanminiatelli e Toscanelli depositati dalla metà dell'Ottocento sino ad anni recentissimi .

Purtroppo in alcuni casi furono le stesse pratiche di acquisizione – legate agli interessi storiografici del momento - a compromettere i complessi archivistici originari. Ciò emerge drammaticamente nei casi degli archivi ‘mutili’ come le carte Da Scorno e Del Mosca (queste ultime giunte in Archivio già nel 1865) o le pergamene Rosselmini Gualandi. Questi costituivano tre dei maggiori archivi cittadini e ci sono arrivati pressoché completi nella sezione del diplomatico ma mutili se non addirittura del tutto assenti per la parte cartacea, oggi non più reperibile.

A questi si possono affiancare una serie di piccoli fondi costituiti in larga parte da documentazione frammentaria (archivi Cilotti, Fontana, Padricelli, Paganini); oppure scampoli di archivi di ben maggior rilievodonati o rinvenuti sul mercato antiquario e raccolti nelle tre miscellanee (corrispondenti agli inventari 63, 69 e 82).

Attraverso questo patrimonio documentario è possibile seguire le vicissitudini di gran parte del ceto dirigente pisano lungo un arco cinque secoli; in molti casi seguendo i destini familiari dalle origini fino all’estinzione. Per altro, come si può notare dalle stesse denominazioni, e come è usuale negli archivi familiari, all'interno di un unico fondo si possono rintracciare carte relative ad altre famiglie (fondi aggregati), confluite nella maggior parte dei casi per via matrimoniale. Così all'interno del fondo Lanfranchi Lanfreducci Upezzinghi oltre agli archivi delle famiglie ‘titolari’ rintracciamo anche documenti Gualandi, Sacchetti di Firenze, insieme ad alcuni spezzoni provenienti dagli archivi Da Varna (alias Avarna) e Rosselmini. Straordinario anche da questo punto di vista è l'archivio Alliata che raccoglie al proprio interno gli archivi Vaglienti, Campiglia, Uniti, Lanfranchi (un altro ramo presente in città), Angeli, Galeotti, Fioretti e spezzoni di archivi delle famiglie Bettini, Calippi, Catignani, Ciampoli, Del Rosso e Del Torto.

Tuttavia documenti privati o familiari sono spesso confluiti anche in altri archivi. Ad  esempio gli enti assistenziali - in particolar modo la Pia Casa di Carità, la Pia Casa di Misericordia e gli Ospedali - hanno conservato dei piccoli ma significativi fondi familiari, che ricordano i legati testamentari ricevuti. Infine archivi fondamentali per lo studio delle famiglie - pisane e non - sono quelli dell’Ordine di Santo Stefano, nelle cui “provanze” è possibile rintracciare memorie ed alberi genealogici presentati per accedere all’Ordine; l’archivio dei Fiumi e Fossi, la magistratura deputata al controllo delle acque e per estensione al territorio pisano e le carte del Comune in cui si conservano i Prioristi insieme a documenti genealogici ed altre informazioni utili a ricostruire le vicende familiari.