Meritano infine almeno una breve menzione i molti archivi di famiglia pisani che per vari motivi oggi si trovano lontani dalla città. In questa sede ci limiteremo ad indicare brevemente alcuni dei casi principali rimandando alla pagina Per saperne di più per eventuali approfondimenti.

Le cause dell'allontanamento di questi insiemi documentari sono facilmente intuibili: da un lato l'emigrazione delle famiglie, sia in antico che in tempi più recenti, dall'altro l’estinzione delle casate ed il passaggio delle carte per via matrimoniale o ereditaria hanno fatto sì che molti complessi archivistici si allontanassero progressivamente dalla loro sede di origine.

Alla prima categoria sono riconducibili gli insiemi documentari oggi rintracciabili in città come Roma o Palermo. Questi - più che veri e propri archivi scampoli documentari sopravvissuti ai naufragi familiari - contengono documentazione utile per ricostruire i flussi migratori e le relazioni 'a lungo raggio' del patriziato. Spicca ad esempio l'archivio Alliata di Villafranca, conservato presso l'Archivio di Stato di Palermo, la cui documentazione se incrociata con quella dell'archivio Alliata di Pisa testimonia i fitti rapporti tra le due famiglie lungo oltre tre secoli. Meno esaustive ma comunque di notevole interesse la documentazione Opezzinghi alias Upezzinghi conservata nel fondo Notarbartolo di Villarosa sempre presso l'Archivio di Stato di Palermo.

Risalendo lungo lo stivale è possibile trovare traccia dei rapporti tra Pisa e la capitale, Roma, dove a partire dal XV secolo si era fissata una colonia pisana piuttosto nutrita e che vedeva alcune delle famiglie di spicco come i Roncioni, i Da Scorno e soprattutto i Ceuli. Anche se non resta molto alcuni documenti relativi alla potente famiglia dei banchieri Ceuli o Cevoli sono rinvenibili presso l'Archivio di Stato di Roma, nel fondo di un'altra famiglia di emigrati illustri pisani: i Lante della Rovere.

Infine tra gli spostamenti più recenti è possibile annoverare quello degli Schippisi, allontanatisi da Pisa tra la fine del XIX secolo e gli inizi del XX. Presso l'archivio Schippisi, ora a Piacenza, oltre alle carte di famiglia (nota per le carriere avvocatizie e per le strette relazioni con la curia locale) sono rinvenibili anche documenti dei Poni o Da Pone e soprattutto dei Navarretti, una famiglia giunta in Toscana dalla Spagna agli inizi del XVI secolo e da subito accolta nel novero delle principali casate.

Tuttavia, come ha ricostruito Elisabetta Insabato, molti di questi archivi sono rintracciabili pur restando vicini al nostro territorio di partenza come, ad esempio , alcuni rami di famiglie fiorentine installatisi a Pisa durante l’età moderna ed oggi rintracciabili in archivi fiorentini. E' il caso degli Albizi, antica famiglia fiorentina installata a Pisa sin dall’inizio del XVII secolo e qui rimasta fino alla fine del XVIII, el cui carte oggi si trovano all'interno dell'archivio Frescobaldi Albizi è possibile rinvenire le carte relative al ramo pisano . Tra i fondi archivistici di origine familiare più recentemente sottoposti a vigilanza relativi all’area pisana si segnala l’archivio Morghen Bernardi oggi depositato presso la Biblioteca “F. D. Guerrazzi” di Livorno. In esso oltre alle carte dei Bernardi, attivi in città sin dal Quattrocento, troviamo documenti di famiglie oggi non più rintracciabili come Grassolini, Crocetti, Bellaviti, Uniti e Aquilani.

Molti degli archivi si sono invece allontanati in seguito al macroscopico fenomeno di trasmissione degli archivi per via matrimoniale. È il caso dell’archivio Scotto, confluito all’interno dell’archivio Corsini in seguito al matrimonio di Andrea Corsini con Luisa Scotto; oppure dell’archivio Gaetani passato all’interno dell’archivio Barbolani di Montauto, marchesi di Montevitozzo con il matrimonio di Ferdinando Barbolani con Maria Elisabetta Gaetani (1760). Esemplare anche da questo punto di vista l'archivio Mazzarosa de Vincenzi, un vero e proprio archivio di concentrazione, che conserva le carte, giunte in seguito a vari matrimoni, delle famiglie Prini, Aulla poi Prini Aulla, e Rosselmini Ricciardi.

A margine, ma comunque da tenere presente in questa rassegna, gli archivi di famiglie che, per diversi motivi, contengono materiale relativo alla città di Pisa. Ad esempio nell’archivio Guadagni, patrizi fiorentini, marchesi di San Leolino, sono presenti documenti relativi al "fitto di Pisa" ovvero ai beni, distribuiti in città e nel contado portati in dote nel 1625 da Angelica di Cosimo di Giulio de' Medici al duca Pietro Altemps di Roma.

A questo possono essere affiancate le carte di due collegi universitari fondati da arcivescovi della curia pisana in età moderna: il Collegio Ricci fondato nel 1568 dal cardinale Giovanni Ricci ed il Collegio Puteano fondato l'8 dicembre 1604 da Carlo Antonio Dal Pozzo. All'interno degli archivi familiari dei fondatori è possibile rintracciare documentazione relativa a questi istituti; rispettivamente presso l'archivio privato Ricci Parracciani e presso l’Archivio di Stato di Biella.