Nel 1836 la Tavola Valdese di Torre Pellice decise di inviare a Firenze il pastore Barthélemy Malan per prendere contatti con l’ambiente culturale ed evangelico cittadino. Fu così aperta la strada ad altri predicatori valdesi, fra cui Paolo Geymonat, che presto sarebbe diventato il primo pastore della comunità valdese. Nonostante la carenza di libertà di religione in Toscana, il culto valdese fu mantenuto anche senza pastori e la comunità ebbe diversi cambi di sede, fino all’approdo a Palazzo Salviati in via de’ Serragli dove erano già presenti una tipografia e una Scuola di Teologia.

Nel 1868 la Tavola esonerò dall’incarico Geymonat, ritenuto troppo autonomo; l’invio a Firenze di un giovane pastore, Augusto Meillem, portò alla divisione della congregazione: parte della comunità infatti rimase insieme al pastore Geymonat, formando una nuova confraternita religiosa che si stabilì in via Manzoni. Nella Chiesa di via dei Serragli rimasero i concordi con le deliberazioni della Tavola. 

La chiesa di via Manzoni che era prettamente popolare e aperta anche alle altre chiese, istituì il Mutuo Soccorso fra gli Evangelici e l’Associazione Evangelica fra i Giovani; quella di via de’ Serragli, con il suo pastore, dette vita alla Squadra Evangelistica e ad altre attività quali l’Istituto Ferretti, l’Istituto Comandi, l’Istituto Gould, le “Cucine Economiche” dove era offerto ai poveri del cibo in modo gratuito e non confessionale, e il “Dispensario medico”  dove i meno fortunati ricevevano cure e medicinali senza pagare. Con lo scoppio della prima guerra mondiale si rafforzarono le opere sociali: furono istituite società in cui le donne si ritrovavano per confezionare abiti da inviare al fronte ma anche per mantenere una corrispondenza per sostenere i soldati. Con l’avvento del regime di Mussolini si ebbero nuove restrizioni, tra cui la chiusura di molte associazioni e scuole evangeliche e non. 

Dopo la seconda guerra mondiale, le due comunità iniziarono a collaborare sempre più intensamente finché non si unificarono sotto l’unica denominazione di Chiesa Evangelica Valdese nel 1957. Con l’unione si pose il problema del luogo di culto che non privilegiasse nessuno dei precedenti immobili; la scelta cadde sulla chiesa anglicana Holy Trinity Church.

L’edificio in via Manzoni oggi ospita il Centro Comunitario Valdese, la casa del pastore, l’Archivio e la biblioteca.

L’Archivio si compone di 55 faldoni, che coprono un arco cronologico che va dal 1861 al 1990; molta documentazione ha subito danni e perdite a causa dell’alluvione del 1966. Nelle carte si riflettono due soggetti produttori distinti, la Chiesa di via dei Serragli e la Chiesa di via Manzoni. I fondi riconducibili alle due sedi hanno atti simili che si possono descrivere omogeneamente: 

- verbali, relazioni,  circolari che comprendono le registrazioni delle sedute del consiglio e delle adunanze di Chiesa, le relazioni annue e le circolari inviate dalla Tavola Valdese alle varie comunità;

- la serie dei Membri di Chiesa comprende registri, schede cartacee e lettere degli appartenenti alla Chiesa. Vi si trovano inoltre indicazioni anagrafiche, trasferimenti, richieste per diventare membri comunicanti (cioè ammessi alla Santa cena) e l’elenco dei membri elettori;
- i Registri di Chiesa contengono gli Atti di battesimo, matrimonio e morte dei membri;
- all’interno della serie Patrimonio immobiliare si custodiscono materiali amministrativi e fiscali;
- la serie Documenti contabili è composta da ricevute e registri per il controllo delle spese e delle collette;
- nel fondo della Chiesa di via de’ Serragli troviamo la serie della Scuola domenicale, istituita nel 1878 con lo scopo di istruire e assistere i bambini;
- la serie del Carteggio e atti raggruppa la corrispondenza dei pastori e dei Comitati;
- all’interno della serie Varie sono stati inseriti tutti quei documenti che non trovavano corrispondenza con nessun altro raggruppamento.

Seguono gli archivi aggregati di tutte quelle attività, associazioni e società che si appoggiano alla Chiesa ma non sono da essa fondate. Si tratta degli statuti, dei verbali e delle circolari delle varie associazioni a carattere nazionale presenti a Firenze: “Unione Giovanile Valdese”, “Associazione Evangelica della Gioventù”, “Federazione Giovanile Evangelica della Toscana”, “Federazioni Unioni Valdesi”,  “Federazione delle Chiese Evangeliche in Italia”, “Unione Femminile Valdese”, “Federazione Evangelica Femminile Valdese Metodista”. Vi si trovano inoltre gli statuti, i regolamenti e le planimetrie del “Cimitero degli Allori”, acquistato dalle comunità evangeliche fiorentine nel 1869 per supportare quello precedente di Porta a’ Pinti. È inoltre presente documentazione della società “La Collettrice”, del Giardino d’Infanzia e della casa di riposo Asilo Italia.

Nel corso del tempo la documentazione ha subito pochi spostamenti e interventi di riordino che hanno prodotto tre inventari, nel 1913, nel 1956 circa e alla fine degli anni ’90 quando il pastore Alfredo Sonelli cercò di raggruppare i documenti in base ai contenuti, senza distinguere la provenienza dalle due comunità. Nel 2004 Alessia Artini ha provveduto all’attuale riordinamento e alla redazione di un inventario, edito da Polistampa nel 2008.